在被选召的孩子们首次接触数码世界的6年后。2005年的一天，东京港区海面上的波浪在朝阳下摇曳。

      17岁的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的闹钟，踢开混乱的被铺，低声滴咕下伸展四肢。拉开了窗帘，光线照到桌上一幅“那一天”的集体照上。 随后他骑上自行车出门，奔向那片初夏的青空。不久，锹形虫兽出现在人类世界，并开始进行破坏。亚古兽重新出现，并和伙伴们战胜了3只锹形虫兽。原来数码世界的数码宝贝被感染，在人类世界寻找望月牙心和她的数码宝贝。

现在，冒险再度开始！